La situación en el Mediterráneo y junto al Estrecho de Gibraltar, paso obligado de gentes y culturas, ha supuesto para las tierras del actual término municipal de Manilva ser habitadas a lo largo de su historia por la mayoría de los pueblos que han pasado por la Península.

En la cercana sierra de La Utrera, entcontramos una ocupación en cuevas del Neolítico Final. A partir de este momento la continuidad va a ser una constante de estas tierras, Calcolítico, Bronce... Del Bronce final son Los Castillejos y, en Manilva aparece cerámica hecha a mano que nos traslada a esa época, encontrando también cerámica fenicia. La evidencia arqueológica se manifiesta con más abundancia de yacimientos del mundo romano, hay que destacar el del Entorno al Castillo de la Duquesa y la Villa Romana de Sabinillas, que parecen coincidir en el momento de su desaparición.

La ocupación musulmana también está presente en Manilva, los yacimientos arqueológicos se encuentran en tierras del interior, alejados de la Costa. Desde el siglo XVI, por pertenecer al Condado de Casares, la historia de Manilva camina junto a la de este municipio. La inseguridad, de las playas y caminos de la zona, provoca que Málaga, Gibraltar y Ronda soliciten a Carlos V que pida al Duque de Arcos más protección y la instalación de una población en la costa.

Es en 1528 cuando Carlos V da orden para la construcción de una torre en el llamado Salto de la Mora, unos años después instalan su domicilio en la actual loma de los Mártires, unos 50 vecinos de Casares constituyendo lo que será el "Cortijo", origen de la actual Manilva.

Continuarán dependiendo de Casares hasta el 26 de Octubre de 1796, año en que obtiene su independencia, con la concesión del "Real Privilegio de Villarga".