Según la tradición oral el origen de éste pueblo se localiza en una venta en el camino de San Salvador que unía a Aracena con la Vía de la Plata, junto a dicha venta se alzaba un moral del que tomaría su nombre el actual Puerto Moral.

Existen evidencias históricas que demuestran que Puerto Moral estuvo habitado en tiempos remotos, ya que existen abundantes restos arqueológicos correspondientes a la Edad del Bronce y a la Época Romana, siendo los vestigios visigodos localizados en el yacimiento de de San Sebastián, los más interesantes.

Puerto Moral se independiza de Aracena en 1817 cuando el rey Fernando VII le otorga el título de Villa.