Al Norte del término municipal, en el Cerro del Castillo, se cree que estaba situada la ciudad romana de Ostur, en las proximidades de la via que desde Illipula, la Niebla actual, se dirigía a Iptucci, la antigua Tejada. En este lugar se han encontrado gran cantidad de monedas con la leyenda Ostur. Además, en dicho cerro pueden verse restos de edificios, pavimentos, sillares, tégulas y otros materiales arqueológicos. Ostur alcanzó el «status municippi» en época de los Flavios, con la concesión del «ius latici» por Vespasiano (González Fernández y Pérez Macías, 1987).

El actual emplazamiento de Manzanilla se corresponde con la ciudad romana de Maxilua, citada por Plinio, en su Historia Natural, como «ciudad en la que se fabrican unos ladrillos tan ligeros que.no se sumergen en el agua». Vestigios de la época romana son las columnas y pedestales dispersos por distintos puntos de la localidad. Estos restos permiten suponer la existencia de un intercambio basado en la riqueza agricola de la zona, que importa articulos de calidad muy caros.

La analogia del nombre romano con el actual viene derivado del latin Malus, que significa «manzana», y siendo su derivado, bien pudiera traducirse como manzana, manzanita o manzanilla, correspondencia que no puede ser más exacta con el nombre actual.

De la época árabe existia cerca del pueblo parte de una aldea o alqueria denominada Benafique que, a mediados del siglo XVIII, según Madoz, todavía existía y contaba con unas 35 casas formando una pequeña calle y dos callejuelas. Hoy nada existe de la misma, sólo se encuentran vestigios de sus cimientos al hacer excavaciones pare plantar árboles.

Tras la conquista cristiana por el rey Alfonso X, en el repartimiento hecho a la ciudad de Sevilla, año 1253, consta como parte del término de Tejada la denominada alquería de Machaniella, pues Manzanilla quedó bajo el control del Concejo de Sevilla como sierra de realengo.

Posteriormente, aunque la historia de Manzanilla aparece lejos de la férula del dominio señorial (Ponsot, P., 1986), una parte muy importante de su término estuvo ligada al donadio de Huégar, actual valle de Manzanilla (Sánchez Franco, M., 1975). El citado donadío perteneció al Marquesado de Alcalá de la Alameda y durante varios siglos Chucena, Manzanilla, Paterna del Campo, Escacena del Campo, Hinojos y Almonte tuvieron en común la dependencia, plena o parcial, del mismo señor.

Huégar experimentó un notable progreso y pujanza económica y era rica por sus viñas, que el Marqués de Alcalá de la Alameda arrendaba a los vecinos de Manzanilla, Escacena, Chucena y Alcalá. Cada uno pagaba al marquesado la cantidad de 20 maravedis por cada miller de cepas y la novena parte de la uva. 

La primera noticia de este donadio es del 28 de marzo de 1411, cuando el adelantado mayor de Andalucia Per Afán de Ribera y su mujer fundaron en Sevilla un mayorazgo para su hijo Diego de Ribera, entre cuyas posesiones se encontraba el lugar de Huégar, «que estaba en el Aljarafe de Sevilla cerca de Manzanilla ...» (Sánchez Franco, 1975).

Cuando los herederos se distribuyeron los bienes, adjudicaron el donadio de Huégar, en 1425, a Gonzalo Marino de Ribera, hijo del adelantado y de su primera mujer, «con todos sus términos, vasallos y casas, bodegas, cubes, tinajas, sierras y heredades, jurisdicción, frutos, rentas, pechos y derechos, según lo había poseído su padre.

La propiedad pasó luego a manos de su hijo Payo de Ribera, señor de Chucena, que se la venderá a su hermano Rodrigo, en 1472, por 475.000 maravedis. Alcalá y Huégar se unieron al mismo tiempo al Mayorazgo de Chucena el 14 de noviembre de 1522, con previa facultad real dada en La Coruña por Carlos V.

No sabemos haste que año fue Huégar de este marquesado. La última toma de posesión registrada es de 1739, pero lo cierto es que siguió vinculado a manos nobles durante un periodo mucho más amplio. Efectivamente, el «26 de junio de 1739, un Alcalde Ordinario de la villa de Manzanilla dió posesión y amparo en ella al Apoderado del Excmo. Sr. Don Luis Antonio Fernández de Córdova Spínola de la Cerda, Duque de Medinaceli, Marqués de Priego... del donadio y alcaydía y casas de Huégar, que está en la jurisdicción de dicha villa de Manzanilla, el cual pertenece al Marquesado de Alcalá con todas sus casas de morada, corral de Concejo, casas bodega, lagar y cozedor de arrope, que todo ello pertenece a S.E. como señor solariego de este donadío, en que hay plantadas algunas viñas, cerca de 900.000 cepas,
estacadas y arboledas por distintas personas; de las rentas y novenos de pan terciacio; de las semillas, legumbres y centenos, y de la uva, que uno y otro se cria y coje en dicho donadio y sus sierras, y de los tributos solariegos de viñas, sierras y arboleda que están situadas en término y distrito de dicho donadio; y de la huerta que llaman del valle que está en dicho donadio y contigua a la emmita de Nuestra Señora del Valle» (Sanchez Franco, M., 1975; 107).

De esta forma, Manzanilla queda conformado en el siglo XVIII como un rico núcleo agrícola. Su medida de 
sierra, la fanega de 12 almudes, con 0,59 hectáreas, aparece a todas luces de mejor calidad, por ejemplo, que la fanega de puño de trigo de Aracena, de 0,69 hectáreas. Esto le permite tener más de 3.000 fanegas de sembradura, 1.000 de viñedos y 399 de olivar (Nuñez Roldán, F., 1987). Ello significó que,
prácticamente, el 90 por 100 de su término tenia una exce-lente aptitud agricola pare sostener la trilogia mediterránea, base del sustento finisecular.

El siglo XIX se abre con esperanzas de grandeza para la antigua Maixalia, pues en 1804 se creó, aunque no tuvo vigencia, la provincia de Sanlúcar de Barrameda, entre el Guadalquivir y el Guadiana, con los partidos de Sanlúcar, Manzanilla, Huelva y Ayamonte. Será en el año 1833 cuando se incorpore a la provincia de Huelva, dependiendo del partido judicial de la Palma del Condado.

En 1845 Manzanilla se muestra como una villa consolidada, con un núcleo urbano «de 440 casas y 60 bodegas y atarazanas para la conservación y depósito de los vinos...». La industria es agricola... que sostienen a 495 vecinos, es decir, 1.721 personas (Madoz, 1845).

Manzanilla, como el resto de los municipios vinateros, sufre en el siglo XX un importante revés, que quiebra sus bases productivas. La filoxera y otros problemas relacionados con el viñedo y con un Modelo de Desarrollo Primario Exportador (Márquez, 1994), que arena capitales hacia el exterior, introducen a la villa en una profunda atonia demográfica, de la que todavia no ha logrado salir. Los cambios en los hábitos alimentarios, la mecanización del campo, el éxodo rural..., han jugado en contra de una cultura mediterránea que tenia en la tortuosa cepa un punto de mira y cohesión social. Así, hoy se impone una mirada hacia adelante, con la esperanza de encontrar nuevos horizontes en un mundo que mire hacia lo rural.

El término municipal es pequeño en cuanto a extensión. Ocupa 3.639 hectáreas, que se distribuyen de forma irregular. Sobre una altitud media de 140 metros, la forma es alargada de Norte a Sur. Linda al Poniente con Villalba del AIcor; al Levante con Paterna y Escacena del Campo, y al Sur con Chucena, Hinojos y la Dehesa de Purchena, que pertenece a Villalba del Alcor.

Sin embargo, esta estrechez no le priva de variedad, y ya Pascual Madoz, en 1845, describe parte del terreno como "propio para arbolado y malo para la labor, hay en él una dehesa poblada de alcornoques, lentiscos, romeros y zarzas; se encuentran diferentes canteras de piedra berroqueña y cal, y hacia el Norte se han abierto dos mines conocidas con los nombres de Pozo-Hondo y Canada de la Zarza».

Efectivamente, en Manzanilla participa de varias unidades geológicas y de un relieve, en general, caracterizado por ondulaciones de suaves colinas pliocénicas y valles en la mayor parte del término. Predominan los materiales terciarios, y solamente en una pequeña franja, al Norte, aflora el zócalo paleozoico y aparecen pizarras muy anticguas, del Devónico superior. Esta última zona es la más abrupta y contiene los mayores desniveles en las proximidades del rio Corumbel, que va a alcanzar, ya en término de La Palma, el nivel de base del Tinto.
La red hidrográfica se organiza en torno a dos cuencas exteriores al ténmino: la del rio Tinto, que drena buena parte de la Tienra Llana de Huelva, y la del Guadalquivir, que regula haste el 75 por 100 de la esconrentia andaluza.

Los arroyos Alcarayón, al Este, y Moriana, al Sur, vierten sus agues al rio Guadiamar, tributario de las marismas y del Guadalquivir, y sirven de limites al término municipal. En el extremo norte, el rio Corumbel, afluente del Tinto, bordea el término y recibe las aguas del arroyo de la Zarza.

El origen del cultivo de la vid en estas tierras se remonta a la más lejana historia antigua, de épocas protohistóricas. La antigüedad de este viñedo puede quedar atestiguada por el mantenimiento, haste el siglo XVIII, de prensas romanas que no existian en el resto del Condado. Pero será tras la conquista cristiana cuando se extienda, llegando a tener tanta fama que, en todas las tierras de los condes de Medina Sidonia, decir vino de Manzanilla era sinónimo de calidad.

Los caldos de Manzanilla ya son famosos en el siglo XV, y se exportaban por el puerto de Moguer a Inglaterra y a los Paises Bajos.
Desda el ano 1963 los vinos del Condado gozan de la protección y garantia de la Denominación de Origen Condado de Huelva, por los que vela su Consejo Regulador. Actualmente Manzanilla es considerada zona de crianza dentro de la denominación de origen Condado de Huelva.
La feria de Manzanilla nace a principios del siglo XVIII por privilegio del primer rey Brbón, Felipe V, cuajando en ella la urgente necesidad, sentida entonces en toda la comarca, de un mercado de primavera antes de las faenas de la recolección.

Las antiguas ferias y mercados surgieron casi siempre en torno a una fiesta religiosa y alrededor de un santuario. La feria del Valle no se celebraba en los alrededores del Santuario del Valle, sino que se crea y se concede expresamente para favorecer el culto a Nuestra Señora del Valle.

A principios del siglo XVIII, con motivo de la guerra de Sucesión a la Corona española, entre el Archiduque Carlos de Austria y Felipe V, existia un regimiento de infanteria denominado Triana, al mando del cual se encontraba don Manuel Félix Osorno y del que formaban parte muchos hijos de Manzanilla. Antes de partir a la guerra, acudieron a implorar la protección de la Virgen del Valle, ofreciéndoles sus banderas si obtenian la victoria. Terminada la guerra con el triunfo de Felipe V, éste concedió una gracia, en obsequio a Nuestra Señora del Valle. Fue el privilegio de hacer en los tres dies de Pascua de Pentecostés una feria pechera , es decir, las mercancias no estaban exentas de impuestos, pero no podria cobrarse alcábala de más del 5 por 100. La Hemmandad de Nuestra Señora del Valle pagó por esta concesión a la Real Hacienda 1.575 maravedies, cantidad que habria de pagar cada 15 años.