Ligado a las repoblaciones de la Corona de Castilla tras la reconquista a finales del siglo XIII. Su territorio pertenecio al reino de Sevilla.

Por Hinojales han pasado multitud de pueblos y civilizaciones que han dejado marcada su impronta en el carácter, las tradiciones y costumbres en esta villa.

     Los primeros datos de los que tenemos constancia es un enterramiento de la edad del bronce en las inmediaciones del núcleo urbano, hoy poco estudiado y expoliado. Posteriormente del paso de los visigodos nos queda una lápida paleocristiana del 568 d.C. situada hoy en la ermita de la Tórtola. También se han sufrido invasiones de los pueblos celtas de los que se cree quedó un importante testimonio: La Danza de Ntra- Sra. de la Tórtola.

De los musulmanes, que estuvieron más de 5 siglos por estas tierras, permanecen topónimos como "la Cueva y el Horno del Moro" y la pertenencia de Hinojales al distrito de Aracena, formando posteriormente parte del reino de Sevilla cuando Castilla liberó a la sierra de la invasión portuguesa.

Hinojales se consolida a partir del s..XV con las inmigraciones de Gallegos y Leoneses. Se construye la Iglesia, a finales del siglo ya que la ermita no podía albergar a la población creciente. Se pintan sus importantes "pinturas al fresco" y en el S XVI el Rey Carlos I le concede la carta de Villazgo independizándose de Aracena.

     Otro hecho relevante es que la Guerra Civil no pasó por Hinojales ya que el entonces Alcalde Republicano Pedro Uceda instó a los ciudadanos a soterrar bandos y rencillas políticas y así nadie acusó a nadie y no hubo derramamiento de sangre. Esto es un hecho indicativo del carácter e idiosincrasia de los panzones.