Cañaveral de León, debe su nombre por un lado a su antigua pertenencia a la Encomienda de León y por otro lado se presupone la existencia de numerosos cañaverales distribuidos por sus huertas y alrededor de sus manantiales, alguno de ellos como el principal que abastece al pueblo, situado en medio de una de sus calles.

Su nombre le asocia a las restantes cuatro villas hermanas, Calera de León, Segura de León, Fuentes de León y Arroyomolinos de León. Las tres primeras pertenecientes a Extremadura (Provincia de Badajoz) y la última junto con Cañaveral a Andalucía (Huelva). Todas ellas pertenecientes a la Encomienda Mayor de León, perteneciente a la Orden de Santiago, que tenía en estas tierras su vanguardia frente a los musulmanes.

Aunque su nacimiento , es anterior, los orígenes de la villa se remontan al 30 de Diciembre de 1588, cuando el rey Felipe II le otorga el título de villa, a cambio del pago de una cuantiosa cantidad de dinero por cada habitante, 16.000 maravedies por habitante y año, durante 4 años fué el precio. De este modo la villa se excinde de Fuentes de León, a la que pertenecía originalmente su demarcación jurídica y municipal, aunque sigue perteneciendo al partido de Llerena.

Aunque ya independiente y con privilegios de Jurisdiscción propia, la villa siguió perteneciendo a Badajoz hasta la actual división provincial de España en 1833, que la enmarcó definitivamente en la provincia de Huelva.

En años posteriores sufrío en cambio la pérdida de gran parte de su término municipal a manos de su vecina Hinojales, que tras numerosos pleitos consiguió adjudicarse para sí la zona conocida como "Umbría de Hinojales". Parece ser que cierto vecino de esa villa y con cargo de secretario municipal en Cañaveral fué bastante determinante en los acontecimientos. Finalmente el término de Cañaveral quedó reducido a poco mas de 35 Km2.