Es seguro que en el actual término de Encinas Reales existieron asentamientos humanos más o menos importantes desde la época romana, como lo demuestran los restos arqueológicos encontrados en la zona de las Mesillas.

En el siglo XIII, concretamente en el año 1263, el monarca Alfonso X delimitó los términos de Benamejí perteneciente a la Orden Militar de Santiago, y Lucena perteneciente al Obispado de Córdoba zanjando así las disputas entre ambas instituciones. En dicho documento se hace alusión a aldeas existentes en lo que hoy es el término de Encinas Reales.

La expulsión definitiva de los musulmanes y el desarrollo demográfico del siglo XVI determinaron la explotación de estas tierras propiedad del Marqués de Comares y Duque de Medinaceli Señor de Lucena y las tierras de su término.

Dada la lejanía de Lucena los agricultores lucentinos que labraban estas tierras de la dehesa de Castil-Rubio construyeron unos cortijos, donde vivían con sus familias, junto al Arrecife de Córdoba a Málaga a dos leguas y media de la ciudad de Lucena.

Probablemente nuca sepamos con seguridad cuándo se construyeron los primeros cortijos donde se asentaron estos agricultores lucentinos. Esa sería la fecha de nacimiento de este pueblo de Encinas Reales. Es muy probable que esto tuviera lugar en la segunda mitad del siglo XVI, y que luego se fuera ensanchando poco a poco hasta constituir por el año 1628 un núcleo de población de unos 500 habitantes.

Este núcleo urbano empezó y siguió durante muchos años dependiendo en todo de la ciudad de Lucena.

El año 1628 fue un año fundamental en la historia de Encinas Reales. Fue el año en que, lo que hasta ahora no había pasado de ser una agrupación de cortijos habitados por agricultores de Lucena, empieza a tener cada vez más importancia y empieza a vivir cada vez con más independencia de la ciudad de Lucena.

Ese año, concretamente el día 11 de junio, el Ilmo. Sr. Obispo de Córdoba, D. Cristóbal de Lovera realizó una visita pastoral a la Iglesia de San Mateo de Lucena y a la iglesia de los Cortijos de Encinas Reales aneja de aquella.

En esta visita pastoral el Obispo administró en Encinas Reales el sacramento de la confirmación a "casi todos los vecinos de dicho lugar". También tuvo ocasión el Sr. Obispo en esta pastoral visita de comprobar el lamentable estado en que se encontraban los fieles de este lugar en lo que se refiere a la atención religiosa.

Así hace una relación de las grandes dificultades que esta comunidad de fieles tenía para la recepción de cada uno de los Santos Sacramentos, como también para recibir cristiana sepultura, ya que "a los que fallecen los llevan a enterrar a la dicha ciudad de Lucena sobre carretas y borricos con indecencia y escándalo".

Una lectura atenta de este mandamiento nos permite llegar a las conclusiones siguientes:

En el año 1628 la población del asentamiento humano de Encinas Reales se elevaba alrededor de 500 habitantes, que vivían formando unas 105 familias alojadas seguramente en un centenar de casas algunas de ellas, como sabemos por otras fuentes, hechas con barro y retama. Teniendo en cuenta que esta población había crecido notablemente en los últimos años, debemos pensar que los primeros cortijos, que fueron el núcleo inicial de este pueblo, debieron tener su origen en cualquier año de la segunda mitad del siglo XVI. Los habitantes de Encinas Reales tenían que ir hasta Lucena, a dos leguas y media de distancia, con gran "descomodidad y dificultad" para poder recibir los Santos Sacramentos o tenían que trasladar hasta dicha ciudad a sus difuntos para que recibieran cristiana sepultura. Es seguro que existía una iglesia muy rudimentaria y sin dotación de ornamentos, enseres, pila bautismal ni nada que facilitara el culto religioso. La única atención religiosa dispensada a estos fieles en su propio lugar se reducía a recibir la visita de un cura de Lucena, los domingos y fiestas de guardar, que celebraba la Santa Misa y administraba los sacramentos de la Penitencia y Comunión a los habitantes que podían acudir a la iglesia. Por todas estas razones el Sr. Obispo dio un mandamiento, fechado el 11 de junio en el mismo lugar de Encinas Reales, en el que disponía detalladamente lo que, por parte de los capellanes de la parroquia de San Mateo de Lucena y del Sr. Duque de Medinaceli, había de llevarse a cabo en orden a mejorar la atención que, desde el punto de vista religioso, habría de dispensarse en adelante a estos habitantes de de Encinas Reales.

Así entre otras disposiciones el Ilmo. Sr. D. Cristóbal de Lovera, Obispo de Córdoba manda:

Que desde ese momento en adelante en la iglesia y lugar de Encinas Reales asista y more de asiento un cura para que administre los Santos Sacramentos a los vecinos con gran cuidado y puntualidad. Que en la dicha iglesia se tenga el Santísimo Sacramento, las tres crismeras con los Santos Oleos, una cruz alta y capa pluvial para los entierros. Que de esta atención religiosa se han de hacer cargo los ocho capellanes de la iglesia de San Mateo de Lucena de la que es aneja la de Encinas Reales. De forma que cada uno de esos ocho capellanes por turnos anuales debe residir permanentemente en dicho lugar. Que los gastos originados por todo ello deben correr por cuenta del Excmo. Sr. duque de Medinaceli, señor de Lucena y su término y patrón perpetuo de sus iglesias. Que sus sucesores en el obispado de Córdoba hagan las visitas pastorales a esta iglesia de Encinas Reales con los mismos derechos con se acude a otros lugares.

La puesta en práctica de este mandamiento no se hizo esperar ya que a finales de ese mismo año de 1628 ya habitaba de manera permanente un sacerdote en el pueblo de Encinas Reales, viviendo en una casa de la calle que desde entonces se llama calle de los Señores Curas y que era propiedad del Sr. Duque de Medinaceli.

A partir de entonces este lugar de Encinas Reales empezó a tener entidad propia, ya que en los libros del archivo de la iglesia se anotaban, no sólo los bautismos, casamientos y defunciones, sino que, por no haber escribano público en el lugar, se anotaban también en estos libros los testamentos, donaciones, particiones, fundaciones, es decir toda una serie de documentos que nos permiten hoy empezar a conocer con bastante detalle la primera historia de este pueblo.

Desde sus comienzos, a finales del siglo XVI, el núcleo de población que hoy es Encinas Reales dependió en todo de la ciudad de Lucena, tanto en lo religioso como en lo civil.

Un paso importante hacia la independencia de este pueblo fue el mandamiento episcopal dado por el Obispo D. Cristóbal de Lobera en al año 1628, como puede verse en otro apartado.

En cumplimiento de este mandamiento, uno de los sacerdotes de la parroquia de San Mateo de Lucena, habitó permanentemente en Encinas Reales para atender espiritualmente a sus moradores.

Desde ese momento se abrieron libros parroquiales para asentar en ellos los bautismos, casamientos y entierros. Lo interesante es que en estos mismos libros se asentaban también los actos jurídicos celebrados ante el sacerdote por no haber en el pueblo escribano público. De manera que en esos libros se encuentra una extensa relación de testamentos, contratos de compraventa y arrendamiento, donaciones, particiones, fundaciones.... etc.

Aunque los ocho sacerdotes de Lucena atendían esta iglesia por turnos anuales, el día 7 de julio del año 1791, mediante un Decreto, el entonces arzobispo obispo de Córdoba D. Antonio Caballero y Góngora, previo consentimiento de todos los párrocos de la iglesia de San Mateo, y atendiendo la petición de los vecinos de Encinas Reales, manda que el sacerdote D. Genaro Clemente Rubio continúe sin hacer turno como cura perpetuo en la iglesia de Encinas Reales ("hasta que otra cosa mandemos", dice el Decreto).

Esta situación contribuyó sin duda alguna a aumentar el sentimiento de independencia de los habitantes de este pueblo.

Sin embargo esta permanencia continuada sólo se mantuvo hasta la muerte del Obispo Caballero y Góngora, ya que su sucesor en el obispado, D. Agustín de Ayestarán y Landa, atendiendo la petición de los sacerdotes de la parroquia de San Mateo, ordena con fecha 23 de junio de 1797 restablecer de nuevo el turno anual entre todos los curas párrocos de Lucena, tal como estaba ordenado en principio desde el año 1626 por el Obispo D. Cristóbal de Lobera.

La verdadera independencia municipal no se da hasta el año 1836, año en que se le permite fundar ayuntamiento propio si bien su término municipal quedó proindiviso hasta siete años más tarde en que la Diputación Provincial mandó llevar a cabo la completa emancipación asignándole término municipal propio. Dicho término municipal está contenido entre los cauces de los ríos Anzur y Genil y tiene una extensión de 34,2 Km2.

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