Aunque en su término municipal se encuentran abundantes testimonios del pasado que, en el caso del yacimiento de la cueva del Ángel pueden remontarse a más de 500.000 años, en pleno Musteriense, y en el de la ciudad iberorromana de Morana desde el Calcolítico, en el 3º milenio, hasta la época medieval, no hay vestigios suficientes que permitan asegurar la existencia de una ciudad en el emplazamiento de la actual Lucena. La primera cita documental es de finales del siglo IX, a raíz de las incursiones realizadas por el rebelde Umar ben Hafsun a "los castillos de la cora de Qabra y al-Yussana, cuyos habitantes eran judíos".

Al final del Califato, en 1010, Lucena pasó a formar parte del reino zirí de Granada, siendo favorecida por el primer ministro granadino Samuel ibn Negrella. En el año 1090 la pujante aljama judía lucentina compró su libertad al caudillo almorávide Yusuf ben Yashufin. Eran estos los momentos de mayor prosperidad económica y cultural de aquella Eliossana a cuyos muros se acogieron muchos judíos huidos de Córdoba o Granada. Considerada como la "ciudad de la poesía" y denominada por los judíos importantes como Jehudá Ha-leví, ibn Gabirol o la saga de los ibn Ezra. Sus rabinos ejercieron un importante magisterio religioso entre las comunidades judías del Occidente Europeo, hasta la invasión almohade, en 1148, momento en que su población debió emigrar a los reinos cristianos del Norte, estableciéndose fundamentalmente en Toledo y en Narbona.

Tras conquistarla en 1240, Fernando III (el Santo) la donó al obispo y al cabildo de la catedral de Córdoba, quienes a su vez, la permutaron, en 1342 a doña Leonor de Guzmán, amante de Alfonso XI, por otros bienes rústicos e inmuebles en Córdoba.

Tras la guerra civil, en 1371, el primer Trastámara, Enrique II, la entregó en señorío a Juan Martínez de Argote, de quien pasará a su hija María Alfonso de Argote que, al contraer matrimonio con Martín Fernández de Córdova, vinculó Lucena a los de este apellido en su rama de los Alcaides de los Donceles, permaneciendo invariablemente como avanzada castellana en la frontera de Granada hasta 1492.

En 1483, uno de los señores de este linaje, Diego Fernández de Córdoba, alcaide de los Donceles, derrotó y apresó a Boabdil, rey de Granada en la batalla del arroyo de Martín González. Más tarde, como merced por sus acciones en la conquista de Orán y en la anexión del reino de Navarra, obtuvo el título de Marqués de Comares, concedido por Fernando el Católico. La evolución demográfica de Lucena en el siglo XVI fue espectacular: de unos 1500 habitantes en 1495 pasó a más de 15.000 en 1550, manteniéndose desde entonces como la segunda población cordobesa en importancia tras la capital.

En 1618, Lucena alcanzó de Felipe III el título de ciudad. Sometida al dominio señorial de los marqueses de Comares y vinculada al ducado de Medinaceli desde 1680, las imposiciones y abusos señoriales desataron el malestar y las protestas de los lucentinos que, tras un largo pleito, consiguieron en 1767 la reversión de la jurisdicción, el señorío y el vasallaje de la ciudad a la Corona.

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