Dentro de los estudios realizados en los últimos años, la campiña se revela como una zona rica en materiales Paleolíticos. Este es el caso del arroyo Ventogil en las afueras de Fernán Núñez donde se ha podido atestiguar la existencia de un importante yacimiento.

Se encuentra este yacimiento en un amplio sector constituido por una enorme acumulación de guijarros. Estos cantos sirvieron de materia prima para la fabricación de herramientas primitivas, estas están datadas en el periodo del Paleolítico Inferior.

Las piezas recogidas comprenden un conjunto bastante variado, los mas abundantes son los cantos golpeados en un extremo para conseguir una superficie cortante. También se han encontrado hachas de mano, piezas mas trabajadas y mas efectivas y piezas realizadas sobre fragmentos planos de guijarros, algunas de ellas con pequeñas muescas en el filo. Todo ello constituye una buena muestra de la presencia y la actividad humana en esta zona.

El actual término de Fernán Núñez formó parte, en gran medida, del territorio de la antigua ciudad íbero-romana de Ulia. Hoy día aún es reconocible en algunos tramos la vía que desde Corduba, marchaba hacia Antequera y Málaga, pasando por la ciudad, vía que era mas recta que la actual carretera nacional.

Aunque los datos de los que se disponen, hacen suponer que la ciudad de Ulía se asentó en el vecino pueblo de Montemayor. Sin embargo en la mentalidad romana el término ciudad no definía el núcleo urbano sino también al territorio que le pertenecía.

La ciudad de Ulía se extendió dirección Norte buscando la capital provincial, así los hallazgos mas importante se han producido en las zonas Norte y Este de los pueblos de Fernán Núñez y Montemayor, especialmente dentro del termino de Fernán Núñez destacan los yacimientos de Mudapelo y Valdeconejos, donde se han encontrado tegulae, restos de mosaicos, ladrillos, capiteles, ánforas y estatuas. todo ello nos habla de una población rural, asentadas en villas, como demuestran el hallazgo de una centuriatio romano, que supone la división del campo en parcelas regulares para su cultivo, lo que nos da una idea del nivel de romanización.

Ulía es celebre por permanecer fiel a Julio Cesar en su enfrentamiento con Pompeyo y sus hijos, en sus alrededores tuvo lugar la famosa batalla de Munda, en la que Julio Cesar derroto a los partidarios de Pompeyo. Ulía acuñó moneda propia como así lo demuestran los abundantes hallazgos de monedas.

Esta zona perteneció durante la época musulmana a la Cora cordobesa, concretamente al distrito de Uliyat Quanbaniya, encontrándose ocupada por una población rural instalada en innumerables granjas o aldeas existentes, defendidas por torres (Aben Cález, Aben Toxil, etc), algunas de las cuales han llegado a nuestros días.

Estas tierras serán conquistadas por las tropas castellanas en el año 1240. Iniciándose su reparto entre los nobles que tomaron parte en la conquista, entre ellos estaba don Fernán Núñez de Témez, el cual da nombre a una de las torres, situada en la actualidad dentro del palacio ducal.

Años mas tarde en el lugar conocido como Aben Cález (cercanías de la cruz de los desamparados), se funda una iglesia parroquial, pero dada la inseguridad que ofrecía Aben Cález frente a las correrías de los musulmanes es trasladada a las cercanías de la fortaleza.

La economía estaba basada fundamentalmente en los productos típicos de la Campiña, y su población en el último cuarto del siglo XV es de aproximadamente 300 vecinos.

Las campañas contra el reino de Granada proporcionaron a la Casa de Fernán Núñez una presencia efectiva en la política nacional, llegando a ser embajadores en distintas embajadas europeas. llega a tener Fernán Núñez en esta época unos 1.800 vecinos, los cuales se verán reducidos debido a la crisis demográfica del siglo XVII.

Los señores de la villa influidos por su espíritu ilustrado, aplicaron una política social y benefactora en favor de sus súbditos. Se inicia con don Francisco de los Ríos, este multiplicó las viviendas, montó telares de lana y seda, construyó cinco molinos de harina (aun visibles hoy), hizo hornos de pan y levantó un mesón para beneficio de los vecinos, estableció un mercado semanal de ganados y productos agrícolas.

Esta labor fue continuada por su nieto, el conde Carlos José Gutiérrez de los Ríos, desecó las tierras pantanosas de Valdeconejos, redistribuyó en parcelas parte de sus tierras (unas particiones que aun hoy subsisten), reedifica el palacio, construye la Fuente de los Caños Dorados y funda unas escuelas de primeras letras.

Todo esto se lleva a cabo con un alto costo por parte de los vecinos, sometidos a fuertes presiones fiscales.

Se produce el fin del régimen señorial, pero el duque de Fernán Núñez sigue siendo el mayor propietario de las tierras, muchas de las cuales se cultivaban en régimen de arrendamiento.

Durante todo el siglo XIX se suceden las protestas y el malestar del vecindario es constante, llegando a dar muerte al corregidor, al escribano y al alguacil (1824) en un levantamiento popular, o el asalto al cuartel de la Guardia Civil (1861) o las primeras manifestaciones públicas a favor de la república (1868).

Ya en la primera parte del siglo XX se suceden las huelgas (1902, 1904, 1905) todas ellas convocadas por las distintas organizaciones obreras, así como las organizaciones de ideas anarquistas. De la influencia anarquista da idea el hecho que en las elecciones generales de 1920 el índice de abstención superase el 55%.

La II República se inició con un ayuntamiento de mayoría republicana. En 1936, la victoria del Frente Popular fue aplastante. Se inicia una etapa en la que se intenta obtener del Instituto de Reforma Agraria tierras para el asentamiento de campesinos, mientras que los grandes propietarios de la localidad huyen.

Al comenzar la Guerra, la Guardia Civil se hizo fuerte en un ala del Palacio Ducal, resistiendo el asedio. En el pueblo se proclamo el comunismo libertario y no faltaron actos de anticlericismo y represión contra la derecha (22 víctimas). El 25 de julio, fuerzas procedentes de Córdoba, con la intervención de legionarios, tomaron el pueblo, desatándose una dura represión, se estima que el número de víctimas fue de 140, en su mayoría miembros de la CNT

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