Integrado su territorio en la ciudad ibero-romana de Mellaría (Fuente Obejuna). Militario de la época del emperador romano Constantino hallado en la finca de Dos Hermanas junto a los restos de una vía romana. Cronología: 307-324 d. C. Dos interpretaciones: según R. Corzo y M. Toscano se trataría de la calzada Corduba - Emérita Augusta (Córdoba-Mérida) y según Melchor Gil se trataría de restos del llamado "Camino del Pretorio" (Vía Secundaria). En este caso el epígrafe se encontraría desplazado de su lugar de emplazamiento original.

Edad media
Villanueva surge probablemente tras la conquista de Córdoba en 1236 por Fernando III el Santo. El núcleo originario de Villanueva se situaría en el llamado Villar de Dos Hermanas (surgido probablemente a mediados del siglo XIII en la finca Dos Hermanas) donde ya antes quizás existiese una aldea musulmana. Se le concedió el título de Villa en 1320 por Alfonso XI con ocho leguas de jurisdicción dependiendo de ella en las aldeas de Espiel y Navas del Serrano (actual Villaviciosa). Denominaciones: 1" Lugar de Casillas, 2° Villanueva del Rey , 3° Villanueva de las Viñas, 4º Villanueva del Rey otra vez, 5" Villanueva de Cárdenas y 6° Villanueva del Rey definitivamente. Tradicionalmente en el Cerro de los Castillejos se sitúan los restos del antiguo castillo medieval.

Edad moderna
Con Carlos I Espiel se independiza de Villanueva erigiéndose en Villa el 10 de Julio de 1545. Comunidad de explotación de las dos villas (Espiel y Vva del Rey) del término proindiviso (sin dividir) de las ocho leguas del común(posteriormente tras su independencia se unirá a esta Comunidad Villaviciosa, antigua Navas del Serrano). Felipe IV la jurisdicción de una legua del común en 1637 a Pedro Gómez de Cárdenas y Ángulo (Venta posteriormente anulada por falta de pago). Con lo que Villanueva pasa a denominarse Vva de Cárdenas. En 1656 Felipe IV concede a Pedro Gómez de Cárdenas el título de Vizconde con lo que Villanueva alcanza la dignidad de Vizcondado. Con la venta a Cárdenas, Villanueva pasa de lugar de realengo a lugar de señorío. Diversos pleitos y concordias entre las tres villas por las explotaciones en común y pro-indiviso de las siete leguas (1 privativa de Villanueva tras anular la venta a Cárdenas) y por la cuestión de las líneas-límites jurisdiccionales. Ventas por Felipe IV de la legua de Villanueva a Espiel en 1641 y al Marqués de Almodóvar en 1661 (Anuladas por falta de pago) En 1711 Felipe V eleva Villanueva a la condición de Condado. El 28 de Noviembre de 1775 las Navas del Serrano con Carlos III se independiza erigiéndose en villa con el nombre de Villaviciosa. El 17 de Agosto de 1778 se produce la Concordia de Pajarejos en la que se produce la reconciliación de las tres villas, Villanueva, Espiel y Villaviciosa en los pleitos entablados. Se establecen 15 normas siendo la norma 5º un auténtico deslinde del término común pro-indiviso.

Edad contemporánea
El 6 de Agosto de 1811 por Decreto de las Cortes de Cádiz cesa oficialmente el Señorío de Vva de Cárdenas por lo que Villanueva vuelve a su nombre de Villanueva del Rey. El Ayuntamiento a finales de los 60 principios de los 70, acuerda entablar recurso contencioso administrativo ante el Tribunal Supremo contra el Ayuntamiento de Espiel que en el deslinde de los términos pretendía ceñir a Villanueva del Rey a la legua de Cárdenas. El13 de Abril de 1976 el Tribunal Supremo falla el pleito en parte a favor de Villanueva pues, aunque no le concede la línea-límite de la Concordia de Pajarejos solicitada por Villanueva tampoco la ciñe a la legua de Cárdenas como pretendía Espiel, por lo que el término de Villanueva pasa a 14.279 has., a las 21.579 de la actualidad ganándose 7.300 has. El 19 de Abril de 1977 se produce el deslinde definitivo de los términos de Espiel y Villanueva del Rey de conformidad con el fallo del Tribunal Supremo, con lo que se resolvió definitivamente y en parte a favor de Villanueva una cuestión muy latente entre los dos pueblos que ha durado unos tres siglos y medio.

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